Depuis 1990, le financement de base de la MDJ provient du SOC (soutien aux organismes communautaires) administré par la Régie régionale de la Santé et des Services Sociaux de Québec (RRSSS). Celle-ci découle du ministère de la Santé et des Services sociaux.

À chaque année, la Ville de Québec contribue au bon fonctionnement de la MDJ. Cette contribution se manifeste par l'octroi d'une aide financière annuelle et par des ressources humaines et matérielles.

Parents et jeunes se rassemblent pour réaliser différentes activités de financement. Les montants amassés sont destinés à la réalisation d'activités pour les adolescents.

Les partenaires et membres de la communauté participent également au bon fonctionnement de l'organisme (visibilité, publicité, prêt de locaux et d'équipement, commandites, etc.).

Tous les détails concernant le financement de la Maison des jeunes est disponible dans le rapport financier annuel de l'organisme. Ce rapport est disponible sur demande.